都市型恐怖活动"JS事件"结束后4年。当初解决事件的核心部队"机动六课"如今也已解散。机动六课的战术最后王牌高町奈叶，如今收起羽翼暂作休息——新系列的主角是高町奈叶的独生女，小学四年级的魔法少女高町薇薇欧！…

《魔法少女奈叶ViVid》以奈叶收养的女孩薇薇欧为主人公，讲述了"JS事件"之后，刚进入魔法学校初等科的她在掌握了魔法基本知识后，收到了奈叶和菲特赠送的专用法器"神圣之心"；而另一边，自称为"霸王&q…