故事以2020年东京奥运会之后的日本为背景，通过“极普通的家庭故事”，讲述了在日本逐渐沉没的情况下，面对终极选择的人们的现实生活。

该作为此前『机动战士高达UC』的续篇，故事讲述了『高达UC』后一年，超越人类智慧和力量的独角兽和报丧女妖渐渐被人们遗忘，而这时独角兽三号机同为RX-0的机体菲尼克斯在地球圈出现…