从前有一匹名叫紫悦的小马，她十分热爱学习却忽视了其他重要的东西。于是，紫悦的老师宇宙公主派紫悦到小马谷去学习友谊。在那里，紫悦和正直的苹果嘉儿、爱漂亮的珍奇、腼腆的柔柔、率真的云宝和爱闹腾的碧琪五匹小马成为了好朋友。这些…

坎特拉高中这次将与死对头－水晶预备高校进行一场学校间的‘友谊竞赛’，但余晖烁烁与朋友们却发现人类世界的紫悦竟是水晶预备高校的学生，过去熟悉的同伴，这一次成了竞争对手，而且她们发现，紫悦身上似乎有个天大的秘密......

小马宝莉第六季将为我们揭开音韵公主的女儿Flurry Heart的秘密，在这之后，小马们将会带着我们环游小马国，故事将不再局限与小马谷，还会出现马哈顿、龙之谷等地方哦！

来自无尽森林的邪恶力量开始侵食着整个小马国，暮光闪闪与她的朋友们再一次踏上的新的一段旅程，从而化解这即将毁灭小马国的危机，并揪出那个誓言要毁灭整个小马国的神秘敌人。