一个工作非常劳累的保镖被雇来保护他最憎恨的人--后者为国际刺客，他以前把保镖的事业和生活都弄砸了，现在保镖被迫把私人情绪放在一边，他得利用多年的经验，和所有技巧来保护常处于险境的国际刺客。

“我是想要让我成为同伴之人的同伴。仅此而已！”失去了过去的记忆，平稳地生活着的高中生·黑井宗矢。某天，他的城市突然遭到神秘的巨大兵器“星云兵器”的袭击。宗矢与长得像猫的“老师”和哥特萝莉银子一起被卷入战斗当中，但——没想…

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一…