故事发生在第1集结束2年后，彼得·帕克继续过着自己的双重生活，平时是性情温和的大学生，晚上则化身为拥有超能力的英雄蜘蛛侠，可是这两者之间的微妙平衡却越来越难以维系，爱人、朋友和慈爱的阿姨都开始怀疑他的真实身份；同时他还多了…

年轻人内森（泰勒·洛特纳 Taylor Lautner 饰）拥有一个看上去颇为完美的家庭，从小他生活在一个幸福的环境当中，不过自懂事起，内森总觉得自己过着形同虚设的生活，直到有一天他无意在失踪人口的网页里看到有人在寻找自己，盯着显示器里…