本作舞台发生在京都伏见。从小就一直相信神明存在的伏见伊奈里，某天早上救了一只快掉进河里的小狗。后来，当伊奈里正为失恋难过的时候，之前被她所救的小狗再次出现在她的面前。其实这只小狗是神明的使者，而小狗的主人为了答谢伊奈里，…

《PEN15》背景设定在 2000 年的某间中学，描述正值发育期的十三岁主角（美国 校园里有个梗，如果被问「你愿不愿意加入pen15俱乐部？」，如果说愿意对方就会恶作剧地把「penis」写在你手上）。