一名科学家发出洪水会破坏地球的警告，却被人们忽略，在那之后建造了一个巨大的方舟。当灾难发生时，那些诽谤科学家的人却绝望地寄希望于他，科学家要在登上方舟，并在世界淹没在永无止境的大海之前寻找他的答案。

邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧制造的毁灭武器。并引诱企业号投入他精…