富有的工业家丹蒂·比拉迪内里离开工厂时在女儿面前被绑架。鉴于绑匪的凶残本性，长官们要求万利瑞奥指挥的特种部队参与营救。也因此将患有严重心脏病的七岁女孩史戴拉和他的父亲分开了。父亲又一次让女儿失望，因为工作要求又不能陪女儿…

《侦探歌剧：少女福尔摩斯》以架空的怪盗和侦探活跃的近未来为背景。在这个世界里存在着拥有被叫做“Toys”的特殊能力的人类。利用这种特殊的能力，“侦探”和“怪盗”争斗不断。而故事就是以将来要成为侦探的四个少女夏洛克、妮洛、艾露…