《侦探歌剧：少女福尔摩斯》以架空的怪盗和侦探活跃的近未来为背景。在这个世界里存在着拥有被叫做“Toys”的特殊能力的人类。利用这种特殊的能力，“侦探”和“怪盗”争斗不断。而故事就是以将来要成为侦探的四个少女夏洛克、妮洛、艾露…

一个年轻的女子回到她的家乡小镇，目的是为了调查她父亲的死因，因为她不相信当局给出的报告，说她父亲死于一次捕猎时的意外,而是另有内情..