故事发生在第1集结束2年后，彼得·帕克继续过着自己的双重生活，平时是性情温和的大学生，晚上则化身为拥有超能力的英雄蜘蛛侠，可是这两者之间的微妙平衡却越来越难以维系，爱人、朋友和慈爱的阿姨都开始怀疑他的真实身份；同时他还多了…

蜘蛛侠（托比马奎尔 Tobey Maguire 饰）在经历了重重考验之后，成为了人人敬仰的正义英雄，抱得美人归。但是，光环下蜘蛛侠，也有自己的心病：他在第一集时放走了小偷导致最亲爱的叔叔被小偷杀死，帕克一直耿耿于怀。生活顺意的帕克开始…

大战绿妖之后，蜘蛛侠帕克（托比马奎尔 Tobey Maguire 饰）忍痛拒绝了他唯一的挚爱玛丽（克尔斯滕邓斯特 Kirsten Dunst 饰），因为蜘蛛侠的身份会为自己和亲人带来巨大危险，帕克决定独立承担起蜘蛛侠的责任。帕克一直在忙于应付各种挑战…