故事讲述了穿梭于现代与战国时代的戈薇与犬夜叉终于从神乐那里明白了宿敌奈落可称为要害的心脏所在，卷入了杀生丸以及拥有四魂之玉碎片的琥珀和钢牙。心生反叛奈落之心的神乐和魍魉丸等人暗中在行动，桔梗想要通过完成四魂之玉以消灭奈落…

永远、刹那、诸叶，是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女们。幼时被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永远与刹那。永远通过能穿越时代树时空的隧道，从战国时代来到了现代。她被戈薇所在的日暮家养育长大，成长为精通武道的女初中生。与此同…

日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了…