《进击的巨人第二季》将紧接进击的巨人后面的剧情发展。第二季讲述的剧情是人类曾一度因被巨人捕食而崩溃。幸存下来的人们建造了三面巨大的防护墙来阻止了巨人的入侵，在这隔绝的环境里享受了一百年的和平。不过作为“和平”的代价，人类…

突然出现在世界上的迷之生物“阿鲁空”。因为它们的到来，人类面临灭亡的危机。能打倒持有强大力量的“阿鲁空”的，只有人类的根源“圣杯”。所以人类将世界上能取出并使用“圣杯”作战的能力者们集中在一起，建立了阿鲁空讨伐军。