跨越寒冬，好不容易终于来临的万物萌芽的季节。我和从小玩到大的损友雄二一起度过的轻松高中生活，也迎来了一个新的阶段随着新季节的临近，我有这样的感觉，原本我认为不会改变的生活似乎在每天一点一点地变化着，新学期伊始进入我们学校…

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家…

当小智知道合众地区亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。