有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市。想在这里的对战塔和其他的精灵宝可梦进行战斗。小智巧遇一名少年而他就是小超。小超因为四年前的事，让他完全无法和精灵宝可梦相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这问题…

四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在大气层的天空神奇宝贝－裂空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激战。最后，裂空坐打败了代欧奇希斯，代欧奇希斯的核心沉到了海里，伦多博士正好…

为了调查栖息在冰原地区的神奇宝贝，科学家伦多博士带著儿子小超和助手优子来到极地。突然，从遥远的宇宙飞来的陨石撞击到地表。这时仔细一看，从陨石坑中出现了DNA神奇宝贝「代欧奇希斯」！它拿起一颗里面闪透著绿光的陨石正在端详的时…