在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。　　变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙…

士为找回失去的记忆而来到新的世界“士的世界”。在这个世界里，士等人来到了一座谜之西式大屋，在屋内他们遇到了一个称士为哥哥、并一直等待着他的少女·门矢小夜。负责照顾小夜的谜之男·月影告诉士等人这个世界已经开始出现毁灭的现象…

20世纪70年代，假面骑士1号和2号联手打败了邪恶组织修卡，但是神秘而邪恶的假面骑士3号突然出现，以压倒性的实力击败了1号、2号，世界的历史就此发生改变。21世纪，原本生活在和平自由年代下的民众，突然委身于修卡团伙的统治之下。曾经…