冬树和KERORO小队一同去印加帝国的遗迹马丘比丘观光。冬树一向喜欢神秘事物，到了那里非常兴奋，而KERORO则依然满脑子想着如何侵略地球。他们在那里发现了一个未被开发的古代迷宫，但因为中了陷阱不得不仓皇离开，没能尽兴地探查一番。就…

Gamma星云第58号行星“K隆星”的人，为了侵略蓝星（K隆星人对地球的称呼），派遣了5人先遣部队到蓝星进行调查。其中Keroro军曹行踪败露，被蓝星人日向冬树和日向夏美发现并生擒，侵略用武器“Kero球”落入冬树手中。其后，侵略军的飞船紧…

从Ma隆星漂流到地球，长久以来相依为命的Ma隆星后裔Meru王子及随从Maru两人，心里一直惦念着要找到地球上最坚强且温柔的公主，进而重建自己的王国。然而，Meru及Maru两人心目中最理想的公主候选人，竟然就是KERORO小队中的队长kERO…

历史动荡的幕末年代，拥有“霸者之首”的人便可以获得天下，而这个被视为“至宝”的“霸者之首”顺理成章地成为人们追逐的目标。作为“永远的刺客”，持有灵刀·月泪刀的秋月耀次郎的宿命就是要封印“霸者之首”。以平息人世间的战乱，故…