武林高手上官星宇追赶黑衣人途中遭遇一场命案，死者死相怪异，引起了他的好奇心。没想到这只是一连串凶杀案的开始，紧接着出现了密室杀人、医馆惨案，几桩案件的线索都指向了“蝴蝶作案”，大理寺众人深陷谜案之中，师妹莫昭言也身陷危机…

明朝有一个神秘的组织——玄衣卫，专门破获各种离奇事件，组员包括苗疆传人、萨满后裔等超自然界高手。故事讲述了玄衣卫被奸人陷害的几年后，邪恶组织过阴堂日益猖狂，皇城神枢营侍卫数月内多次无故失踪。皇帝大怒，特命玉麒麟彻查办此事…