突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往…

故事发生在未来，由于来自月面的树木化成的怪物的袭击，那时的地球已经变得一片荒凉，人们不得不与森林共同生活，并且建立起了敌对的关系。不过本片主角阿基多所居住的中立都市则一直寻求着与森林共存的方法。在某一天，前往封禁之泉取水…

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有着血红色头发的高中女生阳子一心想做个好学生，得到周围人的认可。然而在她平静祥和的生活背后却是深沉的压抑与掩饰，一夜夜的梦魇给她带来无尽的烦恼与痛苦。一天，一头金发的男子来到她的面前，把她带入了另一个世界，一个充满未知却…