在合众地区旅行的小智、艾莉丝、天桐一行人，来到了被称为“大地之剑”的塔为中心发展的城市：艾茵多奥克。这里是由曾经繁荣一时的大地之民所建立的国度，但现在已经落殁。 小智等人为了参加收获祭对战大会来到艾茵多奥克，他们在这里遇…

王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进，在旅途中，与正在寻找同伴的神奇宝贝索罗亚相遇，并一起结伴同行。就在此时，被称为索罗亚克的神奇宝贝竟…

持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼近，就在快被龙卷风卷入时，出现了一名女性。这位名叫…

小智和同伴们被卷进了时空漩涡，等他们回过神来，发现来到了一个奇怪的地方。四周的建筑物都是倒着的，空中乌云密布。这时，冥王龙突然出现，并向具有特殊能力的非攻击性精灵雪米发起了攻击。小智他们正准备迎战，有人出言阻止了他们。这…

为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智、小光和小刚一行人来到了阿拉莫斯镇。他们在镇上遇见了一个名叫爱丽斯的漂亮女孩。爱丽斯带着大家四处游览，并参观这里的标志性建筑——时空之塔和一座美丽庭园。在这座庭园里，小智发现了可疑的影…

小智和同伴们遇到了街头表演明星少女广美。广美是“水之民”的末裔，她能和水中的口袋怪兽交流。小智他们从广美那里听说，大海里有一座由水之民建造的“海之神殿”，里面藏着稀世珍宝“海之王冠”。这时，传说中的口袋怪兽援助员杰克突然…

持续旅行的小智皮卡丘一行，来到了流传着“波导传说”的城镇：欧鲁德朗城。在城市的中心，举行着对数百年前的“波导之勇者——亚郎”而举行的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为当年“波导…

有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市。想在这里的对战塔和其他的精灵宝可梦进行战斗。小智巧遇一名少年而他就是小超。小超因为四年前的事，让他完全无法和精灵宝可梦相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这问题…